Program Studi Teknik Mesin merupakan Program Studi kelima di Fakultas Teknologi Industri (FTI). Dengan mempertimbangkan jurusan lain yang sudah ada di FTI, jurusan Teknik Mesin FTI-UII menentukan teknologi manufaktur sebagai konsentrasinya. Konsentrasi langsung pada bidang tersebut membawa institusi ini sebagai jurusan teknik mesin manufaktur pertama untuk wilayah DIY dan Jawa Tengah. Prodi ini dibuka pada tahun akademik 1999/2000 dengan Nomor SK Pendirian 414/DIKTI/Kep/1999 pada tanggal 22 September 1999.