Dalam rangka mempercepat selesainya pandemi Covid-19 Universitas Islam Indonesia (UII) melaksanakan vaksinasi massal. Pada 30 Maret 2021 ini diawali dengan vaksinasi tahap pertama untuk tenaga pengajar, tenaga pendidik serta purna tugas. Selain dari internal UII vaksinasi ini juga dilakukan untuk para lansia yang tinggal di sekitar kampus UII.
Pada pelaksanaannya, vaksinasi massal ini dilakukan oleh vaksinator dari dosen FK UII. RS JIH Yogyakarta serta RS Islam Yogyakarta PDHI. Teknis pelaksanaan vaksinasi juga memperhatikan protokol kesehatan diantaranya memakai masker,menjaga jarak, mencuci tangan, tidak berkerumun. Untuk itu proses persiapan dilakukan dengan matang, mulai dari penjadwalan peserta vaksinasi dan sosialisasi teknis pelaksanaan vaksinasi massal.
Pada proses vaksinasi kali ini alur dilakukan melalui lima meja secara berurutan, meja pertama dilakukan pengecekan suhu tubuh dan tensi kemudian menuju meja dua untuk verifikasi NIK. Pada meja tiga dilakukan pengecekan riwayat kesehatan peserta, ketika proses screening tidak sesuai peserta tidak dapat melanjutkan ke proses vaksinasi.
Pada proses akhir, peserta vaksinasi harus melalui tahap observasi selama 30 menit guna melihat tanda-tanda reaksi setelah dilakukan vaksinasi. Selama dua pekan kedepan akan dilakukan vaksinasi tahap kedua. Pada waktu tunggu ini peserta harus melihat tanda-tanda reaksi seperti bengkak, dan lainnya bisa segera langsung memeriksanya di rumah sakit.